Perpustakaan IAIN Lhokseumawe merupakan perpustakaan Perguruan Tinggi yang didirikan pada tahun 1984 yang bernama Perpustakaan Sekolah Tinggi Ilmu Syari’ah (STIS). Pada waktu itu perpustakaan masih sangat sederhana, hanya terdiri dari satu ruangan dengan koleksi yang masih sangat minim dan hanya dikelola oleh seorang pegawai.

Pada tahun 1984-1987 Perpustakaan STIS Malikussaleh Lhokseumawe dipimpin oleh Tgk. Sarifuddin. kemudian Tahun 1987- 1993 Perpustakaan Sekolah Tinggi Ilmu Syari’ah (STIS) dipimpin oleh Ibu Nurhasanah. Kemudian Pada Tahun berikutnya (1993- 1999) Perpustakaan STIS Malikussaleh di kepalai oleh Ibu Nurakmal. Seiring dengan perubahan status Kampus (1996) maka Perpustakaan STIS Malikussaleh berubah menjadi Perpustakaan Sekolah Tinggi Agama Islam Malikussaleh (STAIM) Lhokseumawe. Pada saat itu Perpustakaan STAIM Lhokseumawe masih sangat sederhana dan belum begitu berkembang karena keterbatasan koleksi dan belum ada pengelola yang lebih mengerti tentang perpustakaan serta fasilitas pun belum memadai. Pada saat itu Perpustakaan hanya menempati satu ruang belajar.

Selanjutnya Pada tahun 1999-2001 Perpustakaan IAIN Lhokseumawe dipimpin oleh Ibu Nurjannah, S.Ag, S.IP. Beliau adalah lulusan IAIN Ar-Raniry Banda Aceh Jurusan Ilmu Perpustakaan dan juga seorang Sarjana dari STAIM Lhokseumawe. Dibawah kepemimpinannya perpustakaan sudah mulai dikelola secara lebih sistematis, ditata lebih
teratur. Pada periode tersebut, koleksi buku diklasifikasikan menurut DDC ( Dewey Decimal Classification). Disamping itu sistem peminjaman juga sudah mulai tertib.

Periode berikutnya tahun 2001 – 2003 Perpustakaan dipimpin oleh Ibu Yusnaini, S.Ag, beliau lulusan STAIM Lhokseumawe, pada masa kepemimpinannya perpustakaan sudah mulai berkembang dan terus berusaha untuk berbenah diri baik secara struktural kelembagaan sebagai bagian dari STAIM Lhokseumawe, maupun dengan mencari sumber lain yang berasal dari luar kelembagaan, dengan menjalin hubungan dengan lembaga-
lembaga di luar Perguruan Tinggi Agama Islam, hasilnya yaitu banyak menerima sumbangan buku dari berbagai lembaga, salah satunya adalah dari Perusahaan Mobil Oil. Pada masa tersebut jumlah koleksi terus bertambah dan jumlah pegawai sudah ada 4 orang.

Kemudian tahun 2004 – 2011, pada periode ini ( tahun 2004) terjadinya perubahan status penegerian dari STAIM Lhokseumawe menjadi STAIN Malikussaleh Lhokseumawe, pada saat ini Perpustakaan STAIN Malikussaleh Lhokseumawe kembali dipimpin oleh Ibu Nurjannah, S.Ag. Tahun 2005 perpustakaan IAIN Lhokseumawe memulai Otomasi dalam pengelolaan data dan manajemen perpustakaan, dengan mendapatkan dana dari APBD sebanyak 2 unit komputer untuk program otomasi tersebut. Kemudian Pada tahun 2006 pihak Kelembagaan Agama Islam Departemen Agama RI memberikan bantuan 1 paket Program Otomasi perpustakaan berupa komputer sebanyak 6 PC yang terdiri dari 1 PC komputer server dan 4 PC komputer klien, Program yang digunakan adalah SIMPus (Sistem Informasi Manajemen Perpustakaaan). Saat itu semua data koleksi sudah dimasukkan ke Program dan sudah mulai digunakan baik untuk peminjaman maupun untuk penelusuran koleksi atau disebut dengan OPAC (Online Public Acces Catalogue). Kemudian Pada tahun 2008 Perpustakaan menempati ruang yang lebih luas di jalan Cempaka nomor 1 Lancanggaram Lhokseumawe dimana perpustakaan IAIN Lhokseumawe mulai mengembangkan kebutuhan-kebutuhan lain, seperti pengadaan dan penambahan koleksi, sistem keamanan, penambahan SDM yang berbasis pustakawan dan lain sebagainya. Selanjutnya pada awal tahun 2009 perpustakaan telah memiliki sistem pengamanan buku (Security Gate) yang dilengkapi dengan alarm. Pada tahun 2011 perpustakaan kembali pindah ke gedung baru di Kampus STAIN Malikussaleh Lhokseumawe jalan Medan Banda Aceh km 275 No.1 Buket Rata Alue Awe Lhokseumawe, disini Perpustakaan IAIN Lhokseumawe sudah menempati gedung sendiri yang terdiri dari tiga lantai. Saat itu gedung perpustakaan belum selesai dibangun, baru bisa ditempati lantai I sedangkan lantai II dan III masih dalam tahap pembangunan. Karena perpindahan kegedung baru maka program SIMPus error tidak terkoneksi lagi maka diganti dengan program SliMS (Senayan Library Management Sistem) yang masih dipakai sampai sekarang. Disini kami juga harus mendata (mengentri) ulang semua koleksi dari awal karena data yang sudah ada tidak bisa di exspor ke program SliMS karena struktur database dan meta datanya berbeda.

Tahun 2011 – 2015, Perpustakaan dikepalai oleh Ibu Yusnaini, S,Ag,. M.Pd. Perpustakaan terus melakukan berbagai upaya untuk pengembangan diri baik dari penambahan fasilitas, penambahan koleksi, pengadaan internet, penambahan jenis layanan seperti audio visual, layanan Corner yaitu Arun Corner, pengadaan e-books dan e-ournal, pengembangan kompetensi pegawai serta memberikan pelatihan kepada mahasiswa yaitu dengan membuat kegiatan user education of Library (Pendidikan Pengguna Perpustakaan) untuk mahasiswa baru serta kegiatan Lomba Resensi Buku bagi mahasiswa sehingga mahasiswa lebih tertarik untuk mengunjungi Perpustakaan. adapun tahun 2015 sampai dengan 2020 Perpustakaan IAIN Lhokseumawe dikepalai oleh Dr. Mahdalena, S.Pd,. M.Pd, beliau adalah Dosen Tarbiyah Jurusan Matematika. Pada masa kepemimpinan beliau Perpustakaan IAIN Lhokseumawe terus mengembangkan diri dalam segala hal. Salah satunya adalah dengan penambahan layanan BI Corner, dan dengan memanfaatkan lantai III sebagai Layanan Skripsi dan Aula. Saat ini perpustakaan juga melakukan kerjasama dengan beberapa perpustakaan di antaranya dengan, UIN Jogyakarta, Universitas Padjajaran, UIN Ar-Raniry Banda Aceh, Perpustakaan Unimal Lhokseumawe, Perpustakaan Politeknik Lhokseumawe, Perpustakaan Kota Lhokseumawe, Perpustakaan Aceh Utara, Universitas Al Muslim dan lain-lain. Pada Tahun 2018 Perpustakaan sudah menambah beberapa program yaitu repository dan program OER yang bertujuan untuk memudahkan mahasiswa dalam mengakses koleksi secara online.

Tahun 2021 sampai dengan sekarang perpustakaan kembali dipimpin oleh Ibu Nrjannah, S.Ag., S.IP., M.IP yang terus melakukan inovasi untuk menyiapkan akreditasi perpustakaan.